مع اندلاع الثورة السورية كان يونس يشغل منصب قائد اللواء 555 التابع للفرقة الرابعة برتبة عميد. ويعتبر يونس مسؤولا مباشرا عن الجرائم والانتهاكات الممنهجة و استخدام القوة المفرطة لقمع المتظاهرين السلميين. وفي بداية الحراك السلمي عام 2011، أوكل ماهر الأسد شقيق الرئيس والذي تربطه بيونس علاقة وثيقة للأخير مهمة قمع المتظاهرين في محافظة ريف دمشق. وبإشراف يونس قامت قواته بارتكاب جرائم يندى لها الجبين في مدن وبلدات ريف دمشق ومحافظة درعا. وتفيد تقارير بأعطائه أوامر بإطلاق النار على المتظاهرين السلميين واعتقال الأبرياء تعسفياً خلال اقتحام مدينة نوى في محافظة درعا. وفي نيسان عام 2022، جدد بشار الأسد تعيين يونس كرئيس اللجنة الأمنية والعسكرية في المنطقة الشرقية.